“优先指数”系列计算医学资源

  创新点

      自主研发的遗传靶点计算医学核心算法“优先指数”的创新点：针对复杂慢性病非编码区遗传变异位点，开启了向靶基因和靶通路计算转化的新思路与新范式，即：“非编码遗传位点 -> 调控基因 -> 靶基因量化推荐 -> 通路交汇干预靶点”。


      成功地应用于30余种免疫介导相关复杂疾病的遗传靶点计算转化医学研究，研发专门数据库及在线网站，并发布在线分析工具PiER（http://www.genetictargets.pro/PiER），支持数字化挖掘：（1）“优先指数”同名数据库支持用户便捷查询：疾病、靶基因及其蛋白结构；靶点量化排序信息及背后遗传证据；可靶向性模式信息；基于蛋白结构的可成药性口袋预测识别信息并支持其3D互动可视化（2021年11月BioArt报道：NAR｜方海发布免疫疾病遗传靶点数据库“优先指数”，助力计算转化医学研究）。（2）在线用户分析工具PiER，以“用户至上”为宗旨，支持用户自己输入数据，三分钟内一键式实现遗传靶点的计算转化（2022年5月新闻媒体报道：研究成果“PiER：专属于遗传靶点量化推荐的在线服务工具”，被转化医学网与BioArtMED媒体报道，并转载于网易、腾讯等多家新闻媒体）。

  研究价值

      量化推荐同高通量测量靶点活性呈正相关，有助于前期治疗靶点的选择，具有转化应用的实用性，节省临床前药物研发资金、时间及人力成本。复杂疾病具体实例包括过敏性疾病、系统性红斑狼疮、以及多发性硬化症，而高通量测量技术包括CRISPR筛选技术、随机突变技术、以及细胞测定技术。


      为了开启“非编码遗传位点 -> 调控基因 -> 靶基因量化推荐 -> 通路交汇（crosstalk）干预靶点”这一复杂疾病遗传靶点计算医学研究新范式，交叉融通了前期自主研发的计算生物信息学研究工作：蛋白结构域语义注解数据库（dcGO）、非监督式人工智能自组织学习拓扑优化算法（supraHex）、组学整合生物网络核心算法（DNET）与基因组学关系探索工具（XGR）。

  权威期刊论文

    PiER: web-based facilities tailored for genetic target prioritisation harnessing human disease genetics, functional genomics and protein interactions

    Nucleic Acids Research 2022

    DOI: 10.1093/nar/gkac379

    Priority index: database of genetic targets in immune-mediated disease

    Nucleic Acids Research 2022

    DOI: 10.1093/nar/gkab994

    Genomic evidence supports the recognition of endometriosis as an inflammatory systemic disease and reveals disease-specific therapeutic potentials of targeting neutrophil degranulation
    Access the recommendation on F1000Prime

    Frontiers in Immunology 2022

    DOI: 10.3389/fimmu.2022.758440

    Genetic prioritization, therapeutic repositioning and cross-disease comparisons reveal inflammatory targets tractable for kidney stone disease

    Frontiers in Immunology 2021

    DOI: 10.3389/fimmu.2021.687291

    From genome-wide association studies to rational drug target prioritisation in inflammatory arthritis

    Lancet Rheumatology 2020

    DOI: 10.1016/S2665-9913(19)30134-1

    A year in genetics

    Nature Genetics 2019

    DOI: 10.1038/s41588-019-0553-1

    Priority index for human genetics and drug discovery

    Nature Genetics 2019

    DOI: 10.1038/s41588-019-0460-5

    A genetics-led approach defines the drug target landscape of 30 immune-related traits
    Access the recommendation on F1000Prime

    Nature Genetics 2019

    DOI: 10.1038/s41588-019-0456-1