研究团队与服务团队


      方海,研究员,博士生导师,国家转化医学中心(上海)生信大数据平台负责人,上海生物信息学理事,Frontiers in Immunology副主编。入选国家高层次引进人才(青年)、上海市高层次特聘专家、以及上海高校特聘教授。研究成果获“教育部自然科学奖一等奖及二等奖”、“上海医学科技进步一等奖”、“上海市科学技术进步一等奖”、“牛津大学年度个人卓越奖”等,获1项国家发明专利与2项软件著作权,并承担完成1项英国生物技术和生物科学研究理事会项目。先后在中国科学院上海生命科学研究院、布里斯托大学计算科学系、牛津大学从事生物信息遗传学研究工作,自主研发核心算法、分析工具及数据库,助力“计算医学(Computational Medicine)”这一新的研究范式。长期参与欧盟ULTRA-DD创新药物计划、日本FANTOM启动子表达图谱计划、英国COMBAT多组学全景图计划等多个国际组学大数据项目。
      代表性工作包括遗传靶点量化推荐系统“优先指数”(Pi与PiER)、组学数据深度解析工具(XGR与dnet)、自组织学习可视化工具(supraHex)、遗传靶点数据库(Priority index)、以及蛋白结构域语义注解数据库(dcGO)。相关成果以通讯或第一作者发表于Nature Genetics、Nucleic Acids Research、Genome Medicine、Blood、Developmental Cell、EBioMedicine、PNAS、PLoS Computational Biology等本领域内权威期刊,多次收录于学术评价系统F1000并重点推荐,受邀在柳叶刀子刊Lancet Rheumatology撰写综述。




      秉持“生物与信息融合”的理念,组建科研团队与服务团队,以“项目服务与科研合作”相结合的方式,支持转化医学的研究。服务的定位是支持临床应用与基础研究(如临床多组学),而科研的重点在于自研核心算法、开源工具、数据库支持计算医学研究。
      本团队依托国家转化医学基础大设施(上海),从“干”与“湿”平台级学科交叉融通的层面上实现药靶的选择与确证,引领并推广组学遗传证据驱使的治疗靶点计算医学研究范式,助力“健康中国”国家战略目标。